В начале 21 века по официальной версии в Антарктиде падает метеорит. Это приводит к растоплению льдов и затоплению всех прибрежных территорий. Мир на время погружается в хаос, но потом начинает понемногу восстанавливаться. Это событие было названо «Второй удар».
Школьника Икари Синдзи вызывает к себе отец, являющийся главой могущественной организации NERV. Под давлением отца и обстоятельств Икари начинает пилотировать самое удивительное и разрушительное оружие людей — боевой робот Евангелион.
На Токио-3, где находится штаб квартира NERV, нападают странные существа, прозванные Ангелами. Однако, с течением времени Икари начинает узнавать всю правду о «Втором ударе», NERV и Ангелах. И его разум начинает медленно погружаться в пучины отчаяния.
